A fim de contribuir para a estratégia da Europa 2020 para um crescimento sustentável e inclusivo, foram definidos 11 objetivos temáticos, tal como previsto no art.º 9.º do Regulamento (UE) 1303/2013, de 17 de dezembro. Cabe a cada Estado-Membro selecionar que objetivos temáticos pretendem prosseguir através dos programas operacionais, sendo objeto de negociação com a Comissão Europeia. Os objetivos temáticos concretizam-se através de prioridades de investimento, também definidas nos regulamentos do Conselho da UE para cada um dos fundos.
