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O organismo de certificação é uma entidade de auditoria pública ou privada designada pelo Estado-Membro. Essa entidade emite um parecer, elaborado nos termos das normas de auditoria internacionalmente aceites, sobre a integralidade, exatidão e veracidade das contas anuais do organismo pagador, sobre o bom funcionamento do seu sistema interno de controlo e sobre a legalidade e regularidade das despesas cujo reembolso foi solicitado à Comissão. Esse parecer deve igualmente explicitar se o controlo coloca em dúvida as afirmações feitas na declaração de gestão.